Interactome 3D

La risorsa Interactome3D, messa a punto da un team spagnolo anche grazie a fondi del Ministero della scienza e dell’innovazione spagonolo e a fondi europei, è a disposizione della comunità scientifica tramite una interfaccia web (http://interactome3d.irbbarcelona.org/), che consente agli utenti di inviare i loro set di interazioni per l’elaborazione. Interactome3D non mette in discussione l’affidabilità delle interazioni di input, e non ha lo scopo di prevedere se due proteine interagiscono o meno. Dato un insieme di interazioni, la risorsa raccoglie tutti i dati strutturali disponibili per loro e costruisce modelli affidabili per il maggior numero di interazioni possibili. Attraverso l’interfaccia Web, gli utenti possono visualizzare interattivamente il network tramite CytoscapeWeb e visualizzare informazioni dettagliate per singole proteine e complessi binari. Gli utenti possono anche interrogare e sfogliare le serie di dati precompilati di interi organismi, utilizzando diversi criteri funzionali, e scaricarle per l’analisi offline. Interactome3D viene aggiornato regolarmente ogni 6 mesi per riflettere la sempre maggiore disponibilità di dati su interazioni proteiche e dati strutturali.

Bibliografia
-Roberto Mosca, Arnaud Céol & Patrick Aloy. Interactome3D: adding structural details to protein networks. Nat Methods 2013;1;47-56

di C.Lucchini- BSc embriologa

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