MALBAC per l’analisi genomica di singole cellule

L’alta velocità di sequenziamento accoppiata alla necessità, in alcuni ambiti biologici, di studiare anche solo il corredo di una singola cellula, ha permesso passi da giganti nel campo della biologia molecolare. È stata recentemente proposta dall’Università di Harvard una tecnica di whole genome aplification, detta Annealing and Looping-Based Amplification Cycles (MALBAC), che usa una pre-amplificazione lineare e uniforme del DNA prima dell’esponenziale amplificazione con PCR. La pre-amplificazione lineare permette il rilevamento accurato anche di single point mutation (SNP) in singole cellule. Questa metodica è stata applicata in ambito oncologico e per diagnosi prenatali e preimpianto. I lavori fino a ora pubblicati hanno testato la MALBAC su singoli gameti maschili e femminili e su singole cellule tumorali circolanti; la MALBAC applicata alle tecniche di Fecondazione Assistita offre la possibilità di analizzare contemporaneamente difetti cromosomici e alterazioni alleliche con ottima accuratezza e risoluzione. Lo studio dell’intero genoma della cellula, quindi, accoppiato anche a interessanti informazioni sul comportamento delle cellule durante la meiosi e sui più frequenti errori cromosomici, rende la MALBAC una tecnica da inserire nella rosa di quelle esistenti nel campo dello Screening e Diagnosi Preimpianto (PGS/PGD). In uno degli studi pubblicati la MALBAC è stata confrontata con l’Ibridazione Genomica Comparativa (CGH) (attualmente punta di diamante della PGD/PGS). L’indagine, che ha coinvolto l’analisi del primo e secondo globulo polare, di un blastomero e di alcune cellule del trofoectoderma, ha indicato che la MALBAC ha una risoluzione maggiore della CGH e permette, per questo, di evidenziare non solo alterazioni cromosomiche ma anche variazioni di singoli nucleotidi. Se l’indagine delle aneuploidie ha costi comparabili se non inferiori a quelli della CGH, l’indagine delle alterazioni alleliche ha ancora costi molto elevati che potrebbero abbattersi con la diffusione della metodica.

Bibliografia
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di C.Lucchini-BSc biotecnologa

 

 

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