Marcatura di proteine con sonde fluorescenti

E. Coli (Wikipedia).

E. Coli (Wikipedia).

L’ impiego in numerosi settori biochimici di proteine-sonda opportunamente derivatizzate, rende essenziale disporre di metodi di marcatura delle catene amminoacidiche che siano rapidi, efficienti e sito-specifici. Inoltre, perché possano rivelarsi strumenti utili strumenti in ambito biologico, è opportuno che i marcatori possano essere selettivamente legati ad amminoacidi non naturali fatti precedentemente esprimere nelle proteine di interesse tramite organismi geneticamente modificati. Per questa ragione, gli stessi marcatori devono essere resistenti e chimicamente reattivi in condizioni fisiologiche di pH, temperatura e pressione. L’approccio corrente richiede una marcatura sequenziale dei differenti siti amminoacidici in ambiente estremamente acido; per di più, il processo richiede tipicamente diversi giorni di lavoro. Nell’articolo presentato da Chin e colleghi sul JACS, viene proposto un approccio alternativo potenzialmente promettente. Infatti, si riporta una strategia per l’incorporazione di amminoacidi non naturali recanti gruppi alchinici e ciclopropenici in E. coli mediante modificazione genetica. Una volta che la proteina così modificata è stata espressa, tali siti vengono fatti reagire rispettivamente con fluorofori recanti gruppi azidici o tertrazinici. La doppia marcatura della proteina può essere condotta in ambiente acquoso in condizioni simil-fisiologiche, ed è completa in 30 minuti.
A. Sachdeva, K. Wang, T. Elliott, J. W. Chin. Concerted, Rapid, Quantitative, and Site-Specific Dual Labeling of Proteins. J. Am. Chem. Soc., 136 (22): 7785–7788 (2014)

di D. Merli

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