Modello in vitro di biofilm orale: analisi mediante pyrosequencing

(Microbewiki)

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Per predire accuratamente l’efficacia in vivo di nuovi agenti attivi sono richiesti test in vitro che includono biofilm complessi di batteri orali. Obiettivo di questo studio è stato sviluppare un modello di biofilm orale usando il Calgary biofilm device (CBD) seminato con un inoculo di saliva naturale e analizzato mediante sequenziamento di ultima generazione. Gli obiettivi specifici erano determinare le riproducibilità e la stabilità del modello confrontando la composizione dei biofilm nel tempo derivati dagli stessi volontari in diversi momenti e da differenti pannelli di volontari. Il pyrosequencing ha prodotto 280.093 sequenze con una lunghezza media di 432 basi dopo filtrazione. Sono steta rivelate in media 320 e 250 unità tassonomiche operazionali (OTU) in pool di saliva e in campioni di biofilm, rispettivamente. L’analisi statistica delle coordinate principali (PCoA) ha indicato che i replicati di campioni di biofilm erano altamente simili. Inoltre, non ci sono state differenze significative tra biofilm derivati dallo stesso pannello a tempi diversi usando l’analisi di varianza molecolare (AMOVA). C’erano invece differenze significative tra biofilm provenienti da pannelli diversi. La PCoA ha rivealato che c’era uno shift nella composizione dei biofilm tra 7 e 14 giorni. Veillonella parvula, Veillonella atypica/dispar/parvula e Peptostreptococcus stomatis erano le OTU predominanti nei biofilm di 7 giorni, mentre Prevotella oralis, V. parvula e Streptococcus constellatus erano predominanti nei biofilm di 14 giorni. Diversi biofilm orali sono stati fatti crescere con il CBD: quelli derivati dallo stesso pannello di volontari erano estremamente riproducibili. Questo modello, concludono gli autori del lavoro, potrebbe essere usato per lo screening di prodotti per la cura orale contenenti sia agenti antimicrobici sia di pre- o probiotici che dovrebbero modificare la composizione della placca.
BMC Microbiology 2015, 15:24 doi:10.1186/s12866-015-0364-1

di S. Guenzi

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